理、自适性原理、地域性原理及限制因子原理等的灵活应用，生态农业遵循这一原理，因时因地制宜，合理布局，立体间套，用养结合，共生互利，而违背这一原理则会导致环境质量下降，甚至使资源枯竭。为此，生态农业建设实践中提出了“依源设模，以模定环，以环促流，以流增效”的生态农业模式设计方法；生物之间链索式的相互制约原理，生态系统中同时存在多种生物，占据不同的生态位，它们之间通过食物营养关系的相互依存和相互制约构成一定的食物链，多条食物链又构成食物链网，网中任一链节的变化都会引起部分和全部食物链网的改变，网中营养级之间能量遵守十分之一定律。生态农业遵守这一原理巧接食物链，合理组织生产，以挖掘资源潜力。任意打乱它们的关系，将使生态平衡遭到破坏。依此原理设计了“粮（果）→畜→沼→鱼”等食物链生态农业模式；能量多级利用和物质循环再生原理，生态系统中的食物链既是能量转换链，也是物质传递链。在生态农业中合理设计食物链，多层分级利用，可使有机废弃物资源化，使光合产物实现再生增殖，发挥减污补肥增效的作用，强调秸秆过腹还田及以沼气为主体的农村能源建设；结构稳定性和功能协调性原理，在自然生态系统中生物与环境经过长期的相互作用，在生物与生物、生物与环境之间建立了相对稳定的结构，具有相应功能，此中又遵循生物共生优势原则、相生相克趋利避害原则和生物相生相养原则。生态农业利用这些原理和原则优化稳定结构，完善整体功能，发挥其系统的综合效益；生态效益与经济效益相统一的原理，生态农业建设实践强调经济、生态、社会三大效益的协同提高，且认为经济效益是目的，生态效益是保障，社会效益是经济效益的处延。没有经济效益的生态农业是没有生命力的，而没有生态效益的经济效益是不可持续的。为获取高的生态效益和经济效益，必须对自然资源进行合理配置，充分合理地利用国土资源及其他自然资源，充分利用劳动力资源，调整经济结构，实现农业生产的专业化和社会化，积极弓慢农业生产接受市场机制的调节，逐步走上农业产业化的发展轨道。
　　生态农业模式分类体系。生态农业模式的分类按地域、地貌分有山区生态农业等；按行政编制分有生态县、生态乡（镇）、生态村、生态农场等；按产业分有生态渔业、生态林业等；按其功能分有水、土、林、田结合治理模式等。模式设计常采用时空结构型、食物链结构型、时空-食物链结构型三大类型。时空结构型含平面设计、垂直设计和时间设计，在实际应用中多为时空三维结构型，包括种群的平面配置、立体配置及时间的叠加嵌合等。时空结构型含山体生态梯度开发型、林果立体间套型、农田立体间套型、水域立体种养型和庭院立体种养型等。食物链结构型模拟生态系统中的食物链结构，在农业生态系统中实行物质和能量的良性循环与多级利用，一个系统的产出（或废弃物）即是另一个系统的投入，废弃物在生产过程中得到再次或多次利用使之形成良性循环系统，充分利用自然资源，如粮-猪-沼-鱼模式等。食物链模式设计可采用“依源设模，以模定环，以环促流，以流增效”方法，通过链环的衔接，使系统内的能流、物流、价值流和信息流畅通，从而提高经济、生态和社会三大效益。时空一食物链结构类型是时空结构型和食物链结构型的有机结合，它使生态系统中生物物质的高效生产和有效利用有机结合，是“开源与节流”高度统一的适投入、高产出、少废物、少污染、高效益的生态工程类型。
　　生态农业技术体系。生态农业技术包括实施实现种植业、养殖业及工商业之间生产与生态良性循环的组装技术，农副产品废弃物资源化技术，生物种群的调整、引进与重组技术，农村能源综合开发技术，立体种植、养殖技术，水土流失治理技术，控制沙漠化技术，盐渍化土壤改良技术，涝渍地治理技术和病虫害综合防治技术等，从而提高资源利用率，改善生态环境。
　　生态农业建设体系。生态农业建设的基本程序（以生态农业县建设为例）可归纳为调查搜集有关资料，进行系统诊断，找出主要限制因子和优势因子；确定生态农业建设的主要类型、模式及其主要目标、任务和重点解决的问题；制定生态农业发展规划和社会经济发展规划，进行效益预测和规划可行性分析；提请专家组审定规划，并经县（市）人大常委会审议通过后组织力量付诸实施；宣传民众，组织培训，协调力量，筹集资金，分步建设；总结、验收、推广。生态农业建设的基本原则为统筹规划，突出重点；因地制宜，分类指导；模式带动，技术集成；建设与管理并重，工程与政策并重；综合治理，整体提高。采取生物、工程、技术、管理措施使之“山水林田路综合治理，农林牧副渔全面发展，种养加全面配套，经济、生态和社会三大效益协同提高”。
　　生态农业保障体系。生态农业保障体系主要有法律保障体系、组织保障体系和环境监测与评价体系。法律保障体系，制定的《中国生态农业发展纲要》将成为我国今后发展生态农业的主要依据，颁布、实施的《全国农业生态环境保护条例》等法规，将保障我国生态农业建设的顺利进行；组织保障体系，国家7部、委（局）联合成立了全国生态农业建设试点县领导小组，有关各省（市）也成立了相应的领导小组，以保证生态农业建设的组织领导和宏观决策；生态环境监测与评价体系，全国建立了农业、草原、农垦生态监测站56个，还相继建立了各类自然保护区、重点湿地、三峡库区等定点监测站，首批国家级51个生态农业试点县也陆续建立了定位监测站。建立了包括生态环境治

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